在2024年，宇宙爆发一场巨大的碰撞，这场碰撞引起了星际元素的激烈变化，原子少年决定驾驶太空船前去一探究竟，旅程中，他们遇到了来自六颗遥远星球的54位神秘少年，这些少年每个人都拥有独特的力量，有些拥有操控元素的能力，有些则能穿越时空或与万物心灵相通，随着故事的展开，原子少年发现与这些神秘少年之间，存在着某种隐秘的联系，他们的命运正紧紧纠缠一起并与宇宙的未来息息相关。